回宫后不久，朱由校闲暇之时突然想起了孙传庭和洪承畴，这两个也是当代的经世大才之人，只可惜在当下人才济济的天启朝显的暗淡了，没有让他们一展才华。这么多年了，朱由校都不记得两人在放任在外做什么了。
南下布局，也需要这两个大才，在外放任这么久，也该放出来施展一下才华了。于是，他让军机枢密处下旨，赐还在山西的孙传庭为左都御史衔，出任南直隶布政使司兼巡抚，洪承畴赐左副都御史衔，出任浙江布政使司兼按察使司，旨到即刻上任。
这两地是江南最富庶的地方了，交给这两个能臣，想必不久后回更加繁荣。
卢象升的伤势也痊愈了，朱由校也迫不及待的让他返回朝廷，当朝赐他武英殿大学士，入内阁，出任南京总督，节制南直隶、浙江、广西、福建、广东、江西六省行政军务。
此旨一出，举朝震惊，这相当于将大明一半的江山交给卢象升了，大臣们有嫉妒的，也有担忧的，这六省是整个大明王朝最富庶的地方，谁要是有不臣之心，足以和朝廷分庭抗礼。许多大臣反对，但朱由校一概置之不理，仍然让他出任南京总督。
在散朝后，朱由校单独将他留了下来，对他说，到了南直隶后，制所就设在南京，不仅要为大明建造一支强大的舰队，也要整顿海关贸易，不得有重农抑商的思想作祟，要农商兼顾，海贸开展这么多年了，虽然朝廷赚了不少钱，但也开始滋生**了，一定要好好的查一查，不能让蛀虫毁了海贸。第二件事就是整顿武备，新军在几次的征伐中显示了强大的战力，所以，要全面建成新军，他会让蒋达华、贺耿、许正升、邓长青四人为南京新军提督，负责编练新军，另赐海澄公郑芝龙南京都察院左都御史衔，跟随他到南京帮助他建造舰队和管理海贸事项。
最后，他还特别交代，孙传庭和洪承畴两人是能臣干吏，一定要用好他们俩，定会给他很大的帮助。
出了宫，卢象升也是暗暗的感叹，虽然皇帝让他节制江南六省，新军的编练却牢牢的掌握在他的几个心腹手里，还提前安排了和他毫无关系的孙传庭、洪承畴，这两人没什么声望和背景，却被皇帝如此器重，看来皇帝对他掌管江南六省也是有所忌惮啊！
第二天，卢象升进宫面圣后，就带着夫人离开京上任去了。
天启八年七月，漠南九城初具规模，满桂分兵驻守，为节约开支，朱由校诏令遣返一半民力，召回袁崇焕，入京，加封文华殿大学士，入内阁。
漠南九城的建成，巩固了大明对漠南的管制，漠南诸部基本被牢牢的“看住”，没有大的作为，对喀尔喀三部和漠西四部也形成了巨大的威胁，喀尔喀三部和漠西四部也加紧了联系，准备结盟对抗大明。
袁崇焕回京后对这件事，就上书陈述喀尔喀三部和漠西四部的加紧勾结，将来必为北方之大患，请求朱由校在他们未形成稳固的联盟之前，出兵征服喀尔喀。
在乾清宫东暖阁，朱由校捧着袁崇焕的奏疏，对着孙承宗、徐光启、黄嘉善等重臣，咨询他们的意见，结果除了徐光启不言语外，孙承宗、黄嘉善一致同意袁崇焕的奏疏，孙承宗更是力主陈述，“自秦汉以来，魏晋、唐宋，皆受北方匈奴、鲜卑、突厥、契丹、瓦剌、鞑靼之祸，千百年来中原无不深受其害，晋、宋又被灭于北方蛮夷，历朝历代也皆以抵御北方胡人为国策，我大明更是天子守国门，两百余年皆是不变之国策，当今是我大明开拓北疆，一绝千年忧患的大好时机，应趁此机会收服喀尔喀和漠西诸部，永除后患，至于经略南洋，完全可以解决北方之后再做打算。”
朱由校“呵呵”的笑了起来，将手中的奏疏放在案头上，站起来走到他们面前，对他们说：“卿给我罗列了这么多的例子，却不见战国时代东方六国五纵伐秦皆败，是何道理？有人给朕说说吗？”
几位重臣顿时哑口无言，面面相觑。
“不要不吭声啊，”朱由校笑着说：“袁爱卿，这奏疏是你写的，你来说吧，东方六国为什么五纵伐秦而败呢？”
袁崇焕拱手回道：“六国虽然合纵，但各怀异心，为保存实力，无一国真正出力，所以五纵攻秦皆败！”
朱由校点点头，“呵呵”笑道：“朕小的时候就常听一个故事，说是一个和尚挑水吃，两个和尚抬水吃，三个和尚没水吃。讲的就是这个道理，人越多，怀的心思就越多，如今漠西四部尚不和睦，又来了喀尔喀三部，他们就真的能拧成一团吗？今天合纵联盟了，明天说不定就翻脸了，他们就像当时的东方六国，我大明就是当时的秦国，他们合纵，咱们就连横，几个跳梁小丑而已，不足为惧。”
几个大臣哑口无言。
“你们跟随朕这么多年了，见识也该涨了不少，”朱由校在他们面前踱步的说道：“该让你们出去见见世面了，等你们走向世界，就会发现，外面很大，那里有我大明的未来。”
朱由校看了看不吭声的他们，又问了一遍，“你们还有什么事吗？如果还是北方的事就不要再说了。”
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