军事改革第一项就是兵役制度改革。以往，明帝国实行的是义务兵役制度，通俗一点，就是抓壮丁。任何一个明帝国的成年男子，都有义务服兵役，为帝国作战。当然，这也导致了一个问题出现，很多不想当兵的被招进了军队，那只能是滥竽充数，反而降低了帝国军队的战斗力。不过，以当时的情况来讲，明帝国还不可能推广志愿兵役制，必经，帝国的财力，以及国情都决定了，志愿兵役制没有太大的生存空间！
针对这一情况，朱祁钰的解决办法是志愿兵与义务兵结合。明帝国国内各地镇守的部队都为义务兵，服役期限为五年，五年之后就可以退役，或者选择继续服役，或者是转为志愿兵，终身在帝国军队服役。而帝国的中央军，也就是朱祁钰发动所有对外战争所依靠的帝国精锐部队则全改为志愿兵。所有官兵都领取军饷，普通士兵服役十五年，在四十五岁之后退役就可以领取由帝国政府一次性发放的退休补偿金。而军官则服役十八年以上，在五十五岁到六十岁退役时，可以终身领取帝国政府发放的养老金。
与志愿兵役制相结合的还有一整套的官兵军饷级别。比如，最低级的士兵一年的军饷是白银二两，最高级的元帅一年的军饷是一万四千四百两。当然，所有军人的日常生活都是由国家负担的。其实，这就给了所有军人一个生活保障。按照当时的物价水平，普通士兵的军饷足以满足自身的需要了，而只要当上军官，那一家人都不用为生活发愁了！
有了军饷制度，自然需要一套完善的军衔制度。以往，明军采取的军衔制度是比较落后的，从伍长到大将军，虽然也分了几十级，可将领与军官之间的差距很大，而军官与士兵之间的差距更大。这次，朱祁钰直接引入了现代化的军衔制度，从士兵到将军，一共分为了十八级。即：三等兵，二等兵，一等兵；下士，中士，上士；准尉，少尉，中尉，上尉；少校，中校，上校；准将，少将，中将，上将。而在上将之上，还设大将与元帅两级，而这两级军衔只授予在战争中立下了巨大战功的将军，为虚衔，实际权力并未超过上将。
这样，明军总体设了二十级军衔，并且在士兵与军官之间设置了士官，而各级军衔的晋升标准也定了下来。军人的晋升有两种方式，一是通过服役年限来得到晋升。而一名志愿兵从最低级的三等兵做起，服役满十五年之后，也将成为少尉军官，拥有了领取终身养老金的资格。而在当时，最主要的晋升方式仍然是以战功晋升，只要在战争中立下大功，就能够从一员普通的士兵成为将军！而事实上，也确实如此，后来大批年轻将领都是从普通士兵做起的，通过在战场上的优秀表现，最终成为了帝国名将！
这种新的军衔制度，其实是为每一个帝国军人打开了创立战功，建功立业的机会。而且，也让所有军人都认识到，只要为帝国服务，那他们的付出都将得到巨额回报，都将得到帝国的重用，而他们的才能，也将在战争中发挥出来，在为帝国卖命的同时，他们也在为自己的前程而奋斗！
而确立了军衔制度之后，朱祁钰接着就对帝国军队进行了体制改革，取消了原来相对独立的骑兵，步兵，神机营，水师四大兵种，成立了帝国总参谋部，在下设帝国陆军与帝国海军两大军种，而两大军种则分别设总参谋部。帝国皇帝是帝国军队的最高统帅，而帝国两大军种的总参谋长，以及帝国总参谋长都直接向皇帝负责。
在设立陆军之后，以前的骑兵，步兵，神机营也进行了改革。骑兵被保留了下来，并没有发生太大的变化，而步兵与神机营则被取消。其实，三大兵种单独成军的制度都被取消了，因为在朱祁钰的计划之中，帝国军队将是一支多兵种合成部队，而不再是单兵种的作战部队！
在之后，帝国军队最重要的改革开始了，这就是取消了三大营，设立集团军群，集团军，军，师，旅，团，营，连，排，班的军事制度。最低级的战斗单位是班，由单一兵种构成。而具备单独作战能力的是营，这是最初级的多兵种合成作战部队，营之下设立骑兵，步兵与炮兵连。而这里的步兵以非传统意义上的步兵，而是指的火枪兵，传统意义上的步兵被朱祁钰给取消了。师是最低级的战役作战单位，而集团军群则是最大规模的战略作战单位。
朱祁钰第一步改变的也只是中央政府军，也是是明军的主力部队，而其他各地方的军队改革则要等到好几年之后才能完成。而这一改变，其实就是要强化明军多兵种协同作战的能力，不过，新的问题也出现了，即明军将领中，具备全面素质的人员并不多！
陈懋成立的帝国军事学院在此发挥了极为重要的作用。该军事学院的第一期学员就是各兵种的将领。其实，他们也称不上是学员。这些将领在学院里，最主要的还是相互交流作战经验，各兵种的战术，以取长补短，让这些年轻将军们能够在最短的时间之内掌握各并重作战的要领，担负起独挡一面的重任来！
军事制度改革本身是一项非常庞大，而且系统的工程，虽然陈懋是主要的执行人，朱祁钰是主要的设计师，不过，于谦在这场改革中充当的角色也不简单。于谦本身就不是一般的文臣，他的军事才华早在京城保卫战中就得到了体现，只不过，他并不是武将，所以朱祁钰一直将他排除在了军队之外。而这次，于谦用他的政治才能再次帮了朱祁钰的大忙，必经，军队与政府是无法分割开来的，而要让军事改革成功，就离不开政治上的支持！
当然，完成这套军事改革也需要时间，充足的时间。不过，要准备渡海东征，朱祁钰也需要时间。改革的最后结果很明显，朱祁钰做为帝国军队最高统帅的地位得到了巩固，而且，军队绕过了国防部这一关，直接控制在了朱祁钰的手里，他的地位得到了强化。显然，这也是朱祁钰希望看到的结果，即使，他极为信任于谦，可在关系到与自己利益攸关的问题时，朱祁钰不会容忍任何人与他分享手中的权利！
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